Mae Ynys Sgomer yn enwog am ei phoblogaethau mawr o adar môr sy'n bridio, gan gynnwys y Pysgod Manaw, y Gwylogod, y Penwaig Mawr, y Mulfrain Mawr a'r Gwylanod Coesddu. Mae yna hefyd boblogaethau o adar ysglyfaethus, fel y Tylluanod Clust Fer, y Cudyll Cyffredin a'r Hebogiaid Tramor. Mae Llamhidyddion yr Harbwr a'r Dolffiniaid Cyffredin hefyd yn ymwelwyr rheolaidd â'r dyfroedd cyfagos. 

Gyda thua 52,019 (2026) o adar, Ynys Sgomer yw un o'r cytrefi pwysicaf o Balod yr Iwerydd ym Mhrydain, ar ôl i'r niferoedd ostwng yn y 1950au a'r 1970au, mae maint y gytref wedi bod yn tyfu'n araf. Ar ben hynny, mae Llygoden y Pengron Sgomer yn anifail sy'n unigryw i'r Ynys, isrywogaeth o'r Llygoden Bengron y Banc, mae'n byw yn y rhedyn ac yn cyrraedd poblogaethau o 20,000 yn gryf yn ystod misoedd yr Haf. 

Ond nid anifeiliaid yw'r cyfan! Mae Sgomer hefyd yn gartref i dros 248 o rywogaethau cofnodedig o gen, gyda sawl un prin a bioddaearyddol." cennau gwahanol ar yr ynys. Mae rhaglenni monitro wedi'u cyflwyno i olrhain newidiadau hirdymor ym mhoblogaethau cennau, yn enwedig mewn ymateb i amrywiadau yn niferoedd adar môr ac aflonyddwch amgylcheddol, fel llygredd olew.