Gwnaeth Jonathan Davies ei ymddangosiad rhyngwladol cyntaf yng Nghaerdydd ym 1985 pan gurodd Cymru Lloegr o 24 i 15.
Erbyn 1988 yr oedd wedi ennill 28 o gapiau yn safle'r maswr dros Gymru, ac wedi chwarae dros Gastell-nedd a Llanelli. Ym 1989 rhoddwyd gryn sylw i'w benderfyniad i symud i chwarae Rygbi'r Gynghrair ond bu'r un mor llwyddiannus yno gan iddo ennill y Wobr, Chwaraewr Rygbi'r Gynghrair Gorau ym 1991.
Wedi iddo ddychwelyd i Rygbi'r Undeb ym 1996, enillodd Jonathan Davies 5 o gapiau ychwanegol dros Gymru. Chwaraeodd ei gêm ryngwladol olaf eto yn erbyn Lloegr ym Mharc yr Arfau, ond y tro hwn collodd ei dîm o 34 i 13.