Cyn Deddf Goddefgarwch 1687 roedd anghydffurfwyr – Protestaniaid a wrthododd ddilyn gorchmynion y Cymun Anglicanaidd – mewn perygl o gael eu herlyn a bu’n rhaid iddynt gyfarfod yn gyfrinachol. Annibynwyr a gyfarfu mewn ysgubor yn Danywenallt Isaf oedd sylfaenwyr Capel Aber ond erbyn 1762 roedden nhw'n gallu adeiladu eu ty cwrdd eu hunain. Ailadeiladwyd y capel ym 1838 a'i ehangu ym 1876. Yn sgil gwagio a dymchwel pymtheg o ffermydd a bythynnod yn dilyn adeiladu'r gronfa ddŵr yn ystod y 1930au, lleihawyd yr aelodaeth yn sylweddol a oedd yn ei anterth yn fwy na 160. Ar wahân i'r gwasanaethau a ddefnyddiwyd fel adeilad. ysgol ac ar gyfer cyngherddau. Mae'n parhau i gael ei ddefnyddio heddiw.